De watervleermuis is vier tot zes centimeter lang. Zijn korte vacht is op de rugzijde grijsbruin en op de buikzijde grijswit. Zijn vleugels, staart en oren zijn kaal en roodbruin gekleurd. De vleermuis jaagt boven het water op vliegende insecten, vooral kleine muggen. Tussen augustus en april paren verschillende mannetjes en vrouwtjes met elkaar in groepen, zogenoemde ‘paringsnesten’. De vrouwtjes slaan het sperma in hun lichaam op. In de lente vindt pas de bevruchting plaats, waarna elk vrouwtje in de zomer één jong krijgt.