Chalcedoon is micro- tot crypto-kristallijne kwarts: het is opgebouwd uit microscopisch kleine korrels die tegen elkaar aan zijn gegroeid. Het komt in massieve en vaak onregelmatige vorm voor. De korrels zijn vaak zo klein, dat ze zelfs niet met een microscoop te herkennen zijn. Ze kunnen dan alleen met een elektronenmicroscoop gezien worden. Alleen als chalcedoon geen duidelijke structuur heeft en grijs, wit, of lichtgeel is, heet het gewoon chalcedoon. In andere gevallen zijn er andere namen van toepassing, zoals agaat, sardonyx, carneool en chrysopraas.