De paddenstoel van de houtknotszwam is knotsvormig, tot acht centimeter hoog en tot tweeënhalf centimeter dik. De buitenkant is (bruin)zwart en bobbelig, de binnenkant is wit. De sporen zijn (bruin)zwart. De paddenstoel groeit meestal in groepen aan de voet van dode stronken of op dode stammen van loofbomen.Ze zijn te zien van het voorjaar tot het najaar. Als de zwarte knotsen op de grond groeien (eigenlijk op begraven hout), doen ze denken aan boven de grond uitstekende vingers van een gemummificeerd lijk.