De paddenstoel van de roestbruine kogelzwam is bolvormig met een platte onderkant. Hij wordt tot 1 cm breed. Hij heeft een bobbelig oppervlak en is eerst roestbruin van kleur. Later wordt hij zwartbruin door de rijpe sporen. Onder de bobbeltjes op het oppervlak zitten kleine, urnvormige vruchtlichamen. Ieder vruchtlichaampje heeft een klein gaatje aan de buitenkant, waaruit een zwartachtige gelei met daarin de sporen naar buiten komt. De roestbruine kogelzwam groeit op schors van dode of afstervende takken van loofbomen, voornamelijk van beuk. Meestal groeit hij met vele exemplaren bij elkaar.