Fluitenkruid is een kruid met fijn verdeelde, geveerde bladeren. De plant wordt maximaal anderhalve meter hoog. Onderaan de holle, gegroefde stengel zitten kleine haartjes. De witte, tweeslachtige bloemen zijn drie tot vijf millimeter breed en staan bij elkaar in schermen. Zweefvliegen komen af op de nectar en bestuiven de bloemen. Na de bestuiving ontstaan zwartbruine, sigaarvormige vruchten van ongeveer een centimeter lang. Nadat de wind de zaden verspreidt, sterven de bovengrondse delen van de plant af. In de lente groeien ze weer aan. De plant bloeit meerdere jaren.