Knopig helmkruid is een kruid dat 120 centimeter hoog kan worden. Langs de vierkante, rechtopstaande stengel staan driehoekige bladeren. Bij de steel zijn de bladeren hartvormig. Ze zijn donkergroen en hebben een gezaagde rand. Knopig helmkruid is tweeslachtig, dus de bloemen hebben zowel mannelijke als vrouwelijke voortplantingsorganen. De bloemen zijn bruin tot rood, geel of groen. Met een sterke geur trekken de bloemen wespen, bijen en hommels aan, die voor bestuiving zorgen.