De stekelhuidigencollectie bestaat uit circa 50.000 objecten en omvat zeesterren, zee-egels, zeelelies, zeekomkommers en slangsterren. Sommige soorten in de collectie zijn recent uitgestorven, zoals een aantal zeelelies. Een deel van de collectie is door de Amsterdamse zoöloog Max Weber in Indonesië verzameld tijdens de Siboga-expeditie (1899-1900). De stekelhuidigen worden gedroogd of in glazen potten met alcohol bewaard. De collectie wordt gebruikt om onderzoek te doen aan de mariene flora en fauna van bijvoorbeeld de Indonesische archipel en om nieuwe soorten te beschrijven.

Alternative form voor Collectie stekelhuidigen : subcollection|echinodermata.