De botaniecollectie omvat maar liefst 5 miljoen objecten. Het overgrote deel bestaat uit gedroogde planten op herbariumvellen. Het overige gedeelte is heel divers, van gigantische stukken hout en glazen potten met bloemen en zaden, tot schimmels, algen en slijmzwammen. Bijzondere objecten in de collectie zijn bijvoorbeeld maïs van ruim 1500 jaar oud en het En Tibi herbarium. De algen collectie wordt wereldwijd beschouwd als één van de belangrijkste verzamelingen en is grotendeels verzameld door Anna Weber-van Bosse.De meeste objecten komen uit Indonesië (1.2 miljoen), Europa (1.1 miljoen, waarvan 620.000 uit Nederland) en Afrika (0.7 miljoen). Met de collectie wordt onderzoek gedaan naar de verspreiding van en de verschillen tussen soorten.

Alternative form voor Collectie botanie : subcollection|botany.