De weekdierencollectie omvat naar schatting 11 miljoen zee- en zoetwaterslakken, tweekleppigen en inktvissen. De collectie is grotendeels bijeengebracht door Nederlandse schelpenverzamelaars. Maar er zijn ook veel weekdieren verzameld tijdens gerichte expedities in tropische wateren. Sommige objecten, zoals inktvissnavels, worden wel eens gevonden in de ingewanden van bijvoorbeeld potvissen. Een topstuk is de reuzenpijlinktvis, die in een grote tank met alcohol wordt bewaard. Onderzoekers gebruiken de weekdierencollectie om meer te weten te komen over de evolutie in de open oceaan en over de weerbaarheid van kwetsbare soorten tegen klimaatverandering.

Alternative form voor Collectie weekdieren : subcollection|mollusca.