De sponsdierencollectie bestaat uit ruim 40.000 objecten en omvat onder andere bekersponzen, diepzee-sponzen en glassponzen. Sponzen werden van oudsher gedroogd maar tegenwoordig vooral in glazen potten met alcohol bewaard. Een topstuk is een neptunusbeker met een doorsnede van meer dan een meter. Een groot deel van de collectie is in Indonesië verzameld, onder andere tijdens de Siboga expeditie (1899-1900). Met de sponsdierencollectie wordt bijvoorbeeld onderzoek gedaan naar de gevolgen van klimaatverandering op riffen.

Alternative form voor Collectie sponsdieren : subcollection|porifera.